Projektantem witraży wykonanych w 1944 r. był Fryderyk Śmieszek. Prace zlecono zakładowi Braci Paczka. Obok rozet z motywami geometrycznymi szczególną uwagę wiernych zwraca witraż na chórze o wymiarach 160x328 cm oraz witraże na połnocnej i południowej ścianie świątyni o wymiarach 430x127 cm. Zbiórkę wśród parafian na witraże rozpoczęto w 1943 r. W roku następnym były już gotowe, ale z powodu trwającej wojny zdecydowano się na ich montaż po zakończeniu walk.
Niedługo później zmontowano także ołtarz główny (1946-48). Według znawców witraże nawiązują do epoki Młodej Polski, a ze względu na geometryzację ulegają pewnemu wpływowi art deco. W 1967 powstały malowidła stropowe wg projektu Adama Witkowskiego. Do 1971 r. w kościele znajdowały się także inne okna z witrażami o wykroju prostokątnym, ale ze względu na przeobrażenia w prezbiterium (likwidacja balasków, ustawienie nowej mensy ołtarzowej na osi drugiego przęsła) i postawienie bocznych ołtarzy (poświęconych 13 listopada), zostały one zamurowane.
Ikonografia witraży.
Witraż na chórze:
1. Madonna z Jezusem-młodzieńcem w towarzystwie 2 adorujących aniołów.
Ściana północna (wchodząc do świątyni, po lewej stronie)
 |
1. Św. Franciszek z Asyżu (ur. 1181/2, zm. 1226, kan. 1228, wspomnienie 4 X) |
 |
2. Św. Kazimierz Królewicz (ur. 1458, zm. 1484, kan. 1521/1602, wspomnienie 4 III) |
 |
3. Św. Andrzej Bobola (ur. 1591, zm. 1657, kan. 1938, wspomnienie 16 V) |
 |
4. Najświętsze Serce Jezusa |
Ściana południowa (wchodząc do świątyni poprawej stronie)
 |
1. Św. Teresa od Dzieciątka Jezus (ur. 1873, zm. 1897, kan. 1925, wspomnienie 1 X) |
 |
2. Św. Stanisław Kostka (ur. 1550, zm. 1568, kan. 1726, wspomnienie 13 XI, 18 IX- w Polsce) |
 |
3. Św. Józef (zm. ok. 20 n.e., wspomnienie 19 III, 1 V) |
 |
4. Najświętsze Serce Maryi |
Opracowano na podstawie: Korpus witraży z lat 1800-1945 w kościołach rzymskokatolickich metropolii krakowskiej i przemyskiej, t.1: Archidiecezja Krakowska.Dekanaty Krakowskie, opr. Danuta Czapczyńska-Kleszczyńska, Tomasz Szybisty przy współpr. Pawła Karaszkiewicza i Anny Zeńczak, Kraków 2014, s. 302-306.
Dr Tomasz Graff
Zdjęcia Witraży: Grzegorz Bukalski
Zdjęcie sygnatury: Tomasz Graff